新潟県上越市によると2025年9月3日午前11時時点で、大雨による建物の浸水被害が29件確認された。被害は直江津地区が中心で床上浸水3件、床下浸水26件。雨が止んだ直江津駅前の店舗や住宅では被害にあった住民らが片付け作業に追われた。
直江津駅前では、中央1や西本町1の商店街を中心に道路が冠水し、あふれた水が店舗などに流れ込んだ。午前10時過ぎには水が引き、住民らがほうきなどで店舗や玄関に入った水やごみなどをかき出していた。
中央1の男性（92）の住宅は、床上まで浸水し1階の部屋の畳が水浸しになった。男性は「午前6時半を過ぎてから玄関に水が入ってきた。そのうちに1階の茶の間の床下から水が上がってきて、2部屋が床上浸水した」と話した。
中央1の履物店では店の奥まで水が流れ込み、一時は膝下まで水に浸かったという。店の奥には商品の靴の空き箱が水に浮いていた。女性は「水が入ってきて慌てて商品を高い所に上げた」と話した。
また名立区内の国道8号への土砂流入で、土砂と落石が通行車両に衝突し、車に乗っていた人が軽傷を負った。
このほかえちごトキめき鉄道は、直江津駅構内が冠水した影響で、一部を除き妙高はねうまラインと日本海ひすいラインで運転を取りやめている。
